南京农业大学三亚研究院（以下简称研究院）是南京农业大学根据《三亚市人民政府、南京农业大学、南繁科技城有限公司战略合作框架协议》在三亚市设立，并于2021年3月25日正式成立的具有独立法人资格的事业单位。是学校深入贯彻落实习近平总书记“4.13”重要讲话和中央12号文件精神，积极响应教育部“四点一线一面”战略布局的重要举措，是支撑服务海南经济社会发展、服务国家重大战略需求的重要基地。

研究院围绕国家南繁科研育种基地（海南）、国家热带农业科学中心、全球动植物种质资源引进中转基地的建设需求，聚焦农业农村科技创新、成果转化、人才培养、国际交流，在教育部的领导下，通过校地合作共建科研基地、共享教学科研资源，共同推进科技成果转化，与海南省开展全方位合作。建成“立足三亚、服务海南、面向全球”的集教学、科研和成果转化于一体的国家级农业科教基地，服务海南省高层次人才培养和科技创新的需求，助力海南自由贸易港和国际教育创新岛的建设。

研究院依托南京农业大学在产业引领、科学研究、学科建设等方面的优势，在海南培养高层次涉农人才，组织引导学校科研团队到海南开展技术攻关，涉及南繁育种、热区重大病虫害防控、冬季蔬菜绿色高产栽培、农林废弃物利用等多个海南省重点产业发展领域，对接海南经济特色和产业发展需求，开展技术攻关、成果转化，以及国际合作交流等任务。深入推进产学研协同育人，打造新时代中国教育开放发展新标杆，促进科研成果落地海南，以“共建基地共享成果”的新模式，助力南繁种业发展。

南京农业大学三亚研究院知识产权布局领域主要集中于南繁种业，目前专利申请近109项，有效发明专利34项，软件著作权3项。此外，还入榜了崖州湾科技城第三届“知识产权创造力TOP30”榜单。