海南热带海洋学院崖州湾创新研究院（简称创新院）是由海南热带海洋学院举办、具有独立法人资格的新型事业单位，致力于打造引领学校创新发展和支撑崖州湾科技城事业发展的高水平研发机构。创新院立足海南自由贸易港建设需求和学校高水平应用型海洋大学建设导向，依托科技城创新要素汇聚和学校在学科、科研和人才方面的资源优势，重点围绕热带海洋生态系统保护与蓝色碳汇、水产南繁育种、深海观测与探测技术装备、智能试验场与大数据，开展理论创新、技术研发、成果转化和人才培养，努力建设成为学校创新发展和人才培养的试验田，海洋生态、深海科技、热带水产等领域科技创新的孵化器，国际国内合作交流的桥梁和纽带，切实为海南自由贸易港建设作出贡献。

截至目前，创新院共承担了省级及以上科研项目10项，项目总经费1316万元。对外签署横向科研合同37项，项目总经费895.9505万元。以创新院署名单位科研人员为第一作者或通讯作者发表期刊论文共计87篇，其中中文核心期刊共26篇，SCI（SCIE）、EI、ISTP三大检索论文收录35篇；发表著作共计2部；发布海南省地方标准2项。目前已投入1067.06万元用于仪器设备购置，共采购生物超算集群、多参数水质测量仪等299台（套）实验设备，大力推动共用平台/大型设施设备的共享共用，建立共享机制。

“十四五”期间，创新院将围绕海南自贸港建设总体方案和“三区一中心”建设要求，以自贸港深海科技创新、热带海洋蓝碳、水产南繁等领域为重点，不断加强科研平台和师资队伍建设，大力提升科研水平和人才培养质量，坚持科学研究为核心工作，充分发挥科研人员的自主创新的积极性与团队协同创新双重作用，正确处理科研与成果转化的关系，将创新成果转化成看得见的“生产力”，努力把创新院建设成为引领学校创新发展和支撑崖州湾科技城事业发展的高水平研发机构。

海南热带海洋学院崖州湾创新研究院知识产权布局领域主要集中于水产养殖、深海科技等领域，目前专利申请近74项，有效国内发明专利17项、实用新型专利23项，获授权国际发明专利6项，其中卢森堡发明专利1项、南非发明专利5项，软件著作权2项。此外，还入榜了崖州湾科技城第三届“知识产权创造力TOP30”榜单。